Одной из критически важных проблем, связанных с использованием средств Национального фонда, остается понимание и интерпретация принципа контрцикличности, который был одним из основополагающих в момент создания фонда. Казахстан достаточно быстро отказался от отсечения вливаний из Нацфонда при нахождении цены на нефть выше определенного уровня. При этом каких-то четких ограничений и правил в пользу использования средств Нацфонда преимущественно в периоды негативной ценовой конъюнктуры за все время его существования сформулировано не было.

- Доля трансфертов в бюджетных доходах даже в самые благоприятные периоды не снижалась ниже 26%, что демонстрирует сохраняющуюся очень высокую зависимость бюджета от сырьевых доходов.

- Размер Нацфонда достиг своего максимума свыше 77 миллиардов долларов в августе 2014 года в момент, когда началось снижение цен на нефть с уровней свыше 100 долларов за баррель. Снижение размеров связано, в значительной степени, с падением доходов, а не с расходованием средств фонда в относительно «тучные» годы.

- Отсутствие жестких ограничений на «заливание» деньгами секторальных экономических проблем может, в определенных ситуациях, сдерживать структурные реформы и способствовать сохранению избыточного присутствия государства в некоторых секторах.

- Часть предлагаемых рецептов, в частности - не тратить за год из фонда больше поступлений в него за этот период - как раз противоречит контрцикличности, поскольку в кризисных ситуациях на внешних рынках необходимо наращивание бюджетных расходов, чтобы стимулировать внутренний спрос.

- Возможно размер гарантированного трансферта из Нацфонда в бюджет должен быть привязан к ценовым показателям в виде не только цены на нефть, но и других казахстанских сырьевых  экспортных позиций с учетом их удельного веса и новой ценовой нормальности на рынке нефти.

- Существует большое количество экспертных мнений, о том, что размер Нацфонда может снизиться ниже планки в 30% от ВВП уже в ближайшие годы.